Jak wynika z art. 6 pkt 1 ustawy o VAT przepisów tej ustawy nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zorganizowanej jego części.
W świetle art. 2 pkt 27e ustawy o VAT zorganizowana część przedsiębiorstwa oznacza organizacyjnie i finansowo wyodrębniony w istniejącym przedsiębiorstwie zespół składników materialnych i niematerialnych, w tym zobowiązania, przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, który zarazem mógłby stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące te zadania.
Organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych podkreślają, że o tym, czy nastąpiło zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa decydują każdorazowo okoliczności faktyczne związane z konkretną transakcją.
Przyjmują, iż zorganizowaną część przedsiębiorstwa tworzą składniki, będące we wzajemnych relacjach, takich by można było mówić o nich jako o zespole, a nie o zbiorze przypadkowych elementów, których jedyną cechą wspólną jest własność jednego podmiotu gospodarczego.
Ponadto wyjaśniają, że przy ocenie czy składniki majątku powinny być uznane za zorganizowaną część przedsiębiorstwa, o której mowa w art. 2 pkt 27e ustawy o VAT uwzględnić należy zamiar kontynuowania przez nabywcę działalności prowadzonej dotychczas przez zbywcę przy pomocy składników majątkowych będących przedmiotem transakcji a także faktyczną możliwość kontynuowania tej działalności w oparciu o składniki będące przedmiotem transakcji.
W dniu 16 stycznia 2023 r. TSUE wydał postanowienie w sprawie C-729/21, w którym wyjaśnił, że pojęcie "przekazania całości lub części majątku" należy interpretować w taki sposób, iż obejmuje ono m.in. przeniesienie samodzielnej części przedsiębiorstwa, w tym składników materialnych i ewentualnie niematerialnych, łącznie składających się na przedsiębiorstwo lub część przedsiębiorstwa zdolną do prowadzenia samodzielnej działalności gospodarczej.
TSUE podkreślił, że stwierdzenie, iż nastąpiło przeniesienie samodzielnej części przedsiębiorstwa, wymaga, by całość przekazanych składników była wystarczająca dla umożliwienia prowadzenia samodzielnej działalności gospodarczej. Uznał ponadto, że objęcie zakresem pojęcia "przekazania całości lub części majątku" w rozumieniu art. 19 akapit pierwszy dyrektywy w sprawie VAT wymaga, aby nabywca miał zamiar prowadzić przekazane przedsiębiorstwo lub część przedsiębiorstwa, a nie tylko natychmiast zlikwidować działalność i ewentualnie sprzedać zapasy.
Ostatecznie TSUE uznał, że artykuł 19 akapit pierwszy dyrektywy w sprawie VAT należy interpretować w ten sposób, że pojęcie »przekazania całości lub części majątku« obejmuje przeniesienie części przedsiębiorstwa, nawet jeśli nie zostały przeniesione na nabywcę wszystkie składniki materialne i niematerialne, które wchodzą w skład tej części, pod warunkiem że całość przekazanych składników jest wystarczająca dla umożliwienia temu przedsiębiorstwu prowadzenia samodzielnej działalności gospodarczej.