Co do zasady podatnicy mogą odliczać VAT od dokonanych zakupów w takim zakresie, w jakim nabyte towary/usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, z uwzględnieniem ustawowych ograniczeń i wyłączeń.
Podatnicy wykonujący działalność mieszaną, tj. opodatkowaną i zwolnioną z VAT, od wydatków związanych z czynnościami, których nie da się jednoznacznie przypisać wyłącznie do czynności opodatkowanych lub zwolnionych z VAT, odliczenia VAT w trakcie roku dokonują na podstawie wstępnego wskaźnika proporcji, a na koniec roku dokonują odpowiedniej korekty rocznej - uwzględniając rzeczywisty wskaźnik proporcji za dany rok. Podobnej korekty dokonują także podatnicy wykonujący czynności opodatkowane i nieopodatkowane, którzy do odliczania VAT stosują prewspółczynnik.
Zasady proporcjonalnego odliczania VAT określone są w przepisach art. 90-91 oraz art. 86 ust. 2a-2h ustawy o VAT.
Należy pamiętać, że podatnik prowadzący działalność mieszaną może stosować pełne odliczenie VAT, jeżeli jest w stanie jednoznacznie przypisać dany wydatek do czynności opodatkowanych VAT. W przeciwnym wypadku, w ciągu roku odlicza VAT od dokonanych zakupów, za pomocą odpowiednio wstępnego wskaźnika proporcji.
Co do zasady wskaźnik proporcji służący do odliczania VAT od dokonanych zakupów towarów i usług ustala się na podstawie obrotu z roku ubiegłego.
W określonych sytuacjach przyjmuje się jednak dane wyliczone szacunkowo, według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego w formie protokołu.
Dotyczy to podatnika rozpoczynającego w danym roku podatkowym wykonywanie działalności gospodarczej i działalności innej niż działalność gospodarcza oraz podatnika, który uzna, że dane za poprzedni rok podatkowy byłyby niereprezentatywne.
Podobna zasada dotyczy podatnika, który w poprzednim roku podatkowym nie prowadził tzw. działalności mieszanej lub uzyskał obrót z takiej działalności, ale był on niższy niż 30.000 zł bądź też podatnik uważa, iż proporcja ustalona za poprzedni rok podatkowy w roku bieżącym byłaby dla niego niereprezentatywna.
Warto dodać, że pakiet zmian do ustawy o VAT nazywany pakietem SLIM VAT 3, który ma wejść w życie 1 kwietnia 2023 r. zakłada likwidację wymogu uzgadniania prognozy proporcji i sporządzania protokołu przez naczelnika urzędu skarbowego. Jak wynika z projektu ustawy nowelizującej, podatnik będzie zawiadamiał naczelnika urzędu skarbowego o proporcji przyjętej szacunkowo w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym ten sposób określenia proporcji zostanie zastosowany po raz pierwszy, nie później jednak niż w dniu przesłania ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3 ustawy o VAT.
