Organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych uznają, że w przypadku zaewidencjonowania w kasie fiskalnej sprzedaży towaru z zawyżoną stawką VAT, która jest udokumentowana paragonem, korekta VAT w ogóle nie może być dokonana. Swoje stanowisko argumentują tym, że w takim przypadku ciężar podatku VAT z tytułu sprzedaży został przeniesiony na ostatecznych konsumentów, tj. osoby fizyczne. Zwrot zapłaconego podatku VAT na rzecz podatnika, który nie poniósł ekonomicznego ciężaru tego podatku, oznaczałby nieuzasadnione przysporzenie podatnika ze strony Skarbu Państwa. Organy podatkowe twierdzą, że podatnicy nie mogą skorygować zawyżonej stawki VAT, jeśli nie zamierzają zwracać nienależnie pobranego podatku nabywcom.
Natomiast stanowisko sądów administracyjnych w sprawie obniżenia stawki VAT do sprzedaży uprzednio zarejestrowanej w kasie fiskalnej nie jest jednolite.
Z uwagi na rozbieżności interpretacyjne w przedmiotowej kwestii w zakresie polskich przepisów podatkowych, Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 23 czerwca 2022 r. skierował do TSUE pytanie prejudycjalne w tej sprawie.
W dniu 21 marca 2024 r. TSUE wydał wyrok, w którym stwierdził, że zgodnie z zasadą neutralności VAT system VAT zmierza do obciążenia podatkiem jedynie konsumenta końcowego, co oznacza, że cena uzgodniona między tym konsumentem a dostawcą towaru lub usługodawcą obejmuje VAT obciążający te transakcje, niezależnie od tego, czy zostały bądź nie zostały z ich tytułu wystawione faktury. Zwrócono uwagę, że wykładnia ta wynika z art. 78 lit. a) dyrektywy w sprawie VAT, zgodnie z którym sam VAT nie jest wliczany do podstawy opodatkowania, co z kolei oznacza, że VAT jest zawsze uwzględniony w uzgodnionej cenie, nawet w razie błędu podatnika przy ustalaniu stawki.
Z uzasadnienia omawianego wyroku wynika również, że całkowite przerzucenie VAT na konsumenta końcowego niekoniecznie skutkuje brakiem straty lub uszczerbku finansowego, ponieważ nawet w tym przypadku przedsiębiorca może ponieść stratę związaną ze zmniejszeniem się wielkości sprzedaży.
TSUE w uzasadnieniu wyroku zwrócił także uwagę, że wprawdzie dyrektywa w sprawie VAT nie porusza kwestii korekty deklaracji podatkowych podatników w przypadku zastosowania błędnej stawki VAT, jednakże państwa członkowskie - z poszanowaniem zasad skuteczności i równoważności powinny przewidzieć w swych wewnętrznych porządkach prawnych możliwość dokonania korekty błędnie zastosowanego podatku.
Końcowo TSUE wyjaśnił, że prawo Unii zezwala krajowemu systemowi prawnemu na odmowę zwrotu nienależnie pobranych podatków, jeśli prowadzi to do bezpodstawnego wzbogacenia osób mających do niego prawo. Istnienie i stopień bezpodstawnego wzbogacenia, które powstałoby po stronie podatnika w związku ze zwrotem podatku nienależnie pobranego z punktu widzenia prawa unijnego, stanowią okoliczności faktyczne, których ocena należy do kompetencji sądu krajowego, dokonującego swobodnej oceny wszystkich przedstawionych mu dowodów po dokonaniu analizy ekonomicznej, która uwzględnia wszystkie istotne okoliczności.
