Podatnik rozliczający podatek VAT miesięcznie lub kwartalnie, u którego w JPK_VAT z deklaracją za dany okres rozliczeniowy wystąpi nadwyżka podatku naliczonego nad należnym sam decyduje o tym, czy nadwyżkę tę rozliczy w kolejnym okresie rozliczeniowym, czy też wykaże ją jako kwotę do tzw. zwrotu bezpośredniego.
Jeżeli u podatnika nie występują zaległości podatkowe wraz z odsetkami za zwłokę, odsetki za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, koszty upomnienia ani bieżące zobowiązania podatkowe, to na podstawie art. 76 § 1 i art. 76b § 1 Ordynacji podatkowej może on złożyć wniosek o zaliczenie kwoty zwrotu na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.
Niezależnie od tego, w jakim terminie przysługuje podatnikowi zwrot podatku VAT organ podatkowy zanim dokona zwrotu, analizuje, czy podatnik nie posiada zaległości podatkowych.
W pierwszej kolejności kwota zwrotu zaliczana jest na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia, bieżących zobowiązań podatkowych oraz niepodatkowych należności budżetowych.
W sytuacji gdy kwota zwrotu nie pokrywa w całości kwoty zaległości wraz z odsetkami, to zwrot zalicza się proporcjonalnie na poczet zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim w dniu złożenia deklaracji wykazującej zwrot podatku, pozostaje kwota zaległości podatkowej do odsetek za zwłokę.
W myśl art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej, jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania - na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku - na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika.
Ministerstwo Finansów w odpowiedziach na pytania dotyczące JPK_VAT z deklaracją, które dostępne są na stronie internetowej www.podatki.gov.pl wyjaśniło, że aby zaliczyć nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych należy w pozycji P_54 wskazać część lub całość kwoty wykazanej w pozycji P_53. W jednym z pól P_55 - P_58 należy wybrać przysługujący termin zwrotu. W polu P_59 należy podać wartość »1«, a w P_60 podać wysokość zwrotu do zaliczenia na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Następnie w P_61 opisać rodzaj przyszłego zobowiązania podatkowego.
