W praktyce zdarza się, że dochodzi do zaginięcia lub zniszczenia faktury. Wówczas – w zależności od okoliczności – podatnik lub upoważniona przez niego do wystawiania faktur osoba trzecia, lub nabywca lub podmiot, o którym mowa w art. 106c ustawy o VAT, czyli organ egzekucyjny bądź komornik sądowy wystawia ponownie fakturę nazywaną duplikatem faktury.
Duplikat faktury wystawiany jest wówczas, gdy faktura ulegnie zniszczeniu albo zaginie.
Najczęściej duplikat faktury jest wystawiany na wniosek nabywcy. W przepisach ustawy o VAT nie uregulowano formy wyrażenia wniosku o wystawienie duplikatu faktury w przypadku jej zniszczenia lub zaginięcia. Oznacza to, że może on być wystawiony zarówno na podstawie ustnej czy telefonicznej prośby, jak również można w tej sprawie złożyć wniosek w formie elektronicznej lub listownie. Faktura wystawiona ponownie musi zawierać datę jej wystawienia oraz może zawierać wyraz DUPLIKAT.
Podstawowym kryterium decydującym o prawie podatnika do odliczenia podatku naliczonego jest wystąpienie związku podatku zawartego w nabytych towarach i usługach z podatkiem należnym z tytułu wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej.
Dokumentem, na podstawie którego można zrealizować prawo do odliczenia podatku VAT, jest zasadniczo faktura. Z kolei zasady i terminy odliczenia podatku naliczonego zostały sformułowane w art. 86 ustawy o VAT.
Rozliczenie podatku naliczonego przez nabywcę w związku z otrzymanym duplikatem faktury jest uzależnione od tego czy pierwotna faktura dotarła do podatnika, a następnie uległa zgubieniu lub zniszczeniu, czy też w ogóle nie dotarła do podatnika i w związku z tym podatnik nie odliczył podatku VAT.
Jeżeli pierwotna faktura dotarła do nabywcy, ale została ona zagubiona lub zniszczona, a nabywca nie odliczył VAT z pierwotnej faktury, to ma on prawo odliczyć VAT po otrzymaniu duplikatu faktury poprzez złożenie korekty deklaracji podatkowej za okres, w którym otrzymał pierwotną fakturę lub w rozliczeniu za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych.
Natomiast jeśli nabywca odliczył uprzednio VAT z pierwotnej faktury, to otrzymany duplikat stanowi wyłącznie potwierdzenie prawa do tego odliczenia.
Z kolei jeżeli nabywca w ogóle nie otrzymał pierwotnej faktury, to odliczenia podatku naliczonego może dokonać dopiero na podstawie duplikatu faktury w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał ten duplikat lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych.
