Korekta pliku JPK_VAT w zależności od okoliczności może obejmować część ewidencyjną i część deklaracyjną lub wyłącznie część ewidencyjną albo wyłącznie część deklaracyjną.
Podatnik zobowiązany jest przesłać korektę ewidencji VAT za pomocą środków komunikacji elektronicznej w terminie 14 dni od dnia stwierdzenia, że przesłana ewidencja zawiera błędy lub dane niezgodne ze stanem faktycznym, lub zmiany danych zawartych w przesłanej ewidencji.
Jeśli naczelnik urzędu skarbowego stwierdzi, że w przesłanej ewidencji są błędy, które uniemożliwiają przeprowadzenie weryfikacji prawidłowości transakcji, wówczas wzywa on podatnika do ich skorygowania, wskazując te błędy. W takiej sytuacji podatnik jest zobowiązany w terminie 14 dni od dnia doręczenia tego wezwania przesłać do naczelnika urzędu skarbowego ewidencję skorygowaną w zakresie błędów wskazanych w wezwaniu lub złożyć wyjaśnienia wskazujące, że ewidencja nie zawiera błędów, o których mowa w wezwaniu.
Organy podatkowe wciąż zajmują niekorzystne stanowisko w kwestii możliwości składania korekty deklaracji VAT w przypadku osoby fizycznej, która zlikwidowała działalność gospodarczą i została wykreślona z rejestru podatników VAT, w odniesieniu do okresu rozliczeniowego, w którym była ona czynnym podatnikiem VAT. Należy jednak zaznaczyć, że innego zdania są w tej kwestii sądy i na drodze sądowej można dochodzić swoich praw.
Zdaniem organów podatkowych prawo do składania deklaracji oraz korekt tych deklaracji mają podmioty posiadające status podatnika VAT. W przypadku utraty tego statusu zostaje utracone prawo do składania deklaracji oraz korekt tych deklaracji. Tak przykładowo stwierdził Dyrektor KIS w jednej z interpretacji indywidualnych, która powołaliśmy w Poradniku VAT nr 2 z br.
Odmienne stanowisko w tym zakresie prezentują sądy administracyjne. Przykładowo NSA w ww. wyroku z dnia 19 stycznia 2023 r. potwierdził stanowisko Sądu pierwszej instancji, że osoba fizyczna wykreślona z rejestru podatników VAT zachowuje status podatnika tego podatku w odniesieniu do okresu rozliczeniowego, w którym była zarejestrowanym podatnikiem. Jednocześnie potwierdził, że zgodnie z art. 81 § 1 Ordynacji podatkowej stronie pomimo zakończenia działalności gospodarczej przysługuje prawo do złożenia korekty deklaracji za okres, w którym prowadziła działalność gospodarczą oraz prawo do skorygowania faktury VAT. Przy składaniu korekty deklaracji, należy bowiem przypisać jej taki status, jaki miała w okresie, którego dotyczy korekta. Korekta deklaracji pełni bowiem rolę korelatu mechanizmu samoobliczania podatku, chroniąc podatnika zarówno przed niekorzystnymi skutkami powstania zaległości podatkowej, jak i otwierając możliwość ewentualnego zwrotu nadpłaty. Sąd uznał, że prawo do złożenia takiej korekty może być realizowane do momentu przedawnienia zobowiązania.
W uzasadnieniu Sąd podkreślił, iż okoliczność wykreślenia podatnika z rejestru jako podatnika VAT nie ma znaczenia dla realizacji prawa do dokonania korekty deklaracji złożonej w czasie, gdy dany podmiot był zarejestrowanym podatnikiem. Podobnie ta okoliczność nie ma znaczenia, gdy organ podatkowy zamierza określić takiemu podmiotowi zobowiązanie w kwocie odmiennej od zadeklarowanej.
