Podmioty krajowe, które dokonują wypłat niektórych należności na rzecz kontrahentów zagranicznych, są generalnie zobowiązane do poboru od tych wypłat tzw. podatku u źródła. Niekiedy jednak dochodzi do sytuacji, kiedy to polski płatnik, bierze na siebie ciężar tej daniny, np. na podstawie umowy zawartej z kontrahentem zagranicznym.
W takich przypadkach w celu ustalenia wysokości podatku u źródła, płatnik zobowiązany jest przeliczyć kwotę należności w walucie obcej na złote według kursu średniego ogłaszanego przez NBP z ostatniego dnia roboczego poprzedzającego dzień dokonania wypłaty należności. Następnie musi "ubruttowić" należność i pomnożyć przez stawkę podatku wynikającą z ustawy lub umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania - jeśli posiada certyfikat rezydencji kontrahenta.
Podatnik ma możliwość odliczenia dla celów podatkowych kosztów, które nie zostały wymienione w art. 16 ust. 1 ustawy o CIT, pod warunkiem, że wykaże ich związek z prowadzoną działalnością, a ich poniesienie ma lub może mieć wpływ na wielkość osiągniętego przychodu lub na zachowanie albo zabezpieczenie jego źródła. Jeżeli więc zapłaci podatek u źródła za kontrahenta zagranicznego, to poniesie koszt w celu uzyskania przychodów. Jednocześnie wskazać należy, że w tym przypadku nie znajduje zastosowania żaden z przepisów art. 16 ust. 1 ustawy o CIT, a w szczególności pkt 15. Stanowi on, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodów podatku dochodowego oraz wpłat z zysku określonych w odrębnych przepisach. Zakres tego przepisu dotyczy tylko podatku dochodowego, który jest uiszczany przez podatnika, a nie jak to ma miejsce w omawianej sytuacji - przez płatnika.
Z wydawanych interpretacji podatkowych wynika, że organy podatkowe dopuszczają możliwość zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów podatku u źródła zapłaconego przez polską firmę z jej własnych środków finansowych, a niepobranego z wypłaty dokonywanej kontrahentowi zagranicznemu.
Zatem w przypadku gdy zgodnie z zawartą umową, podatnik zapłaci za kontrahenta podatek u źródła, podatek ten stanowi koszt uzyskania przychodów.