Od uzyskanego przez komplementariusza przychodu z tytułu udziału w zyskach spółki komandytowej spółka, jako płatnik, obowiązana jest pobrać 19% podatek dochodowy. Przy czym, ustalając wysokość tego podatku, powinna pomniejszyć go o kwotę odpowiadającą iloczynowi procentowego udziału komplementariusza w zyskach spółki komandytowej i podatku należnego od dochodu tej spółki. Chodzi tu o podatek obliczony za rok podatkowy, z którego przychód z tytułu udziału w zysku został uzyskany. Kwota pomniejszenia nie może przekroczyć kwoty obliczonego zryczałtowanego podatku.
Zdaniem organów podatkowych odliczenie to można jednak stosować dopiero po zakończeniu roku podatkowego, którego dotyczy zysk. W konsekwencji uważają, że zryczałtowany podatek od wypłacanych komplementariuszom zaliczek na poczet zysku należy pobierać bez dokonywania takiego odliczenia.
Kwota zryczałtowanego podatku pobrana przez płatnika bez uwzględnienia odliczenia będzie stanowiła kwotę podatku pobranego w wysokości większej od należnej, a więc nadpłatę.
Organy podatkowe wyjaśniają, że komplementariusz otrzymujący zaliczkową wypłatę udziału w zysku może zrealizować prawo do odliczenia tylko przez korektę rozliczenia zryczałtowanego podatku, która nastąpi po zakończeniu danego roku podatkowego i po ustaleniu kwoty podatku należnego od dochodu spółki za ten rok. W tym celu powinien złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty do właściwego urzędu skarbowego.
Sądy są innego zdania. Uważają, że spółka, jako płatnik, nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego przy wypłacie komplementariuszowi zaliczki na poczet zysku.
