Wynagrodzenie za czas niezdolności do pracy wskutek choroby oblicza się według zasad obowiązujących przy ustalaniu podstawy wymiaru zasiłku chorobowego i wypłaca za każdy dzień tej niezdolności, nie wyłączając dni wolnych od pracy.
W celu obliczenia wysokości przysługującego pracownikowi wynagrodzenia chorobowego należy w pierwszej kolejności ustalić podstawę jego wymiaru. Stanowi ją przeciętne miesięczne wynagrodzenie wypłacone za okres 12 miesięcy kalendarzowych poprzedzających miesiąc, w którym powstała niezdolność do pracy, a gdy pracownik nie ma tak długiego okresu zatrudnienia, za pełne miesiące kalendarzowe ubezpieczenia poprzedzające niezdolność do pracy. Przeciętne miesięczne wynagrodzenie oblicza się, dzieląc wynagrodzenie uzyskane za wskazany wcześniej okres, pomniejszone o finansowane przez pracownika składki na ubezpieczenia społeczne, przez liczbę miesięcy, w których zostało ono osiągnięte. Tak ustalona podstawa wymiaru wynagrodzenia chorobowego z tytułu pracy w pełnym wymiarze czasu pracy nie może być niższa od kwoty minimalnego wynagrodzenia za pracę, po odliczeniu kwoty odpowiadającej 13,71% tego wynagrodzenia. W przypadku pracowników zatrudnionych w niepełnym wymiarze czasu pracy, najniższa podstawa wymiaru wynagrodzenia chorobowego jest zmniejszana proporcjonalnie do wymiaru czasu pracy.
Drugim etapem jest ustalenie stawki dziennej wynagrodzenia chorobowego. Dokonuje się tego, dzieląc obliczoną podstawę wymiaru przez 30, zaokrąglając wynik do jednego grosza według ogólnych zasad, a następnie mnożąc przez odpowiednią stawkę procentową, tj. 80% lub 100%, zaokrąglając wynik do jednego grosza według ogólnych zasad.
Trzecim etapem jest pomnożenie stawki dziennej przez liczbę dni niezdolności do pracy orzeczonej w zaświadczeniu lekarskim o czasowej niezdolności pracownika do pracy z powodu choroby. W tej liczbie uwzględnia się zarówno dni robocze, jak i dni wolne od pracy, tj. soboty, niedziele, święta, dni wolne wynikające z harmonogramu czasu pracy.