Umowa sprzedaży rzeczy i praw majątkowych podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych. Podstawę opodatkowania przy tej umowie stanowi wartość rynkowa rzeczy lub prawa majątkowego. Czynność sprzedaży przedsiębiorstwa czy jego zorganizowanej części nie jest objęta VAT, dlatego konieczne jest rozliczenie PCC.
Co istotne, w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego zostało przesądzone, że w świetle obecnego brzmienia przepisów ustawy o PCC dodatnia wartość firmy (tzw. goodwill), rozumiana jako nadwyżka ceny nabycia nad wartością rynkową składników majątkowych przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, nie podlega opodatkowaniu PCC.
W przypadku sprzedaży przedsiębiorstwa czy jego zorganizowanej części zastosowanie mogą mieć dwie stawki podatku, tj. 2% i 1%. Podatek pobiera się według stawki najwyższej od łącznej wartości rzeczy lub praw majątkowych, jeżeli podatnik - dokonując czynności cywilnoprawnej, w wyniku której nastąpiło przeniesienie własności - nie wyodrębnił wartości rzeczy lub praw majątkowych, do których mają zastosowanie różne stawki. Ze względu na tę regulację dla celów rozliczenia PCC według niższej stawki w umowie sprzedaży wyodrębnia się składniki przedsiębiorstwa, jego zorganizowanej części, do których mają zastosowanie różne stawki. Naczelny Sąd Administracyjny w jednym ze swoich wyroków podkreślił, że wyodrębnienie wartości rzeczy i praw majątkowych powinno nastąpić równocześnie z dokonaniem czynności cywilnoprawnej, która przyjmuje postać umowy pisemnej. Wyodrębnienia takiego należy dokonać w treści umowy lub jej załącznikach. Wyodrębnienie wartości rzeczy i praw majątkowych, które nastąpiło wcześniej bądź później niż zawarcie umowy, i które nie stanowi elementu treści tej umowy, nie może zostać ocenione jako dokonane równocześnie z czynnością cywilnoprawną w postaci zawarcia umowy sprzedaży. Skutkuje natomiast opodatkowaniem najwyższą stawką wszystkich rzeczy i praw majątkowych składających się na przedsiębiorstwo czy jego zorganizowaną część.
Przy sprzedaży podatnikiem jest kupujący. Podatnik zobowiązany jest po dokonaniu czynności opodatkowanej PCC, bez wezwania organu podatkowego, złożyć deklarację w sprawie PCC oraz obliczyć i wpłacić podatek w terminie 14 dni od dnia powstania obowiązku podatkowego. Wyjątek od tej reguły dotyczy sytuacji, gdy czynność dokonywana jest w formie aktu notarialnego. Wówczas to notariusz dokonuje niezbędnych czynności związanych z rozliczeniem PCC.
Warto mieć na uwadze, że omówione zasady dotyczą sprzedaży. Inne reguły opodatkowania PCC mają zastosowanie, gdy przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część stanowi przedmiot aportu do spółki. Więcej na ten temat pisaliśmy w Gazecie Podatkowej nr 54 z 2022 r., na str. 17.