Łączny czas trwania wszystkich kontroli podatkowych prowadzonych u przedsiębiorcy przez urząd skarbowy w jednym roku kalendarzowym nie może przekroczyć określonej liczby dni roboczych. Limit zależy od wielkości firmy. W przypadku mikroprzedsiębiorców limit wynosi 12 dni roboczych, u małych przedsiębiorców – 18 dni roboczych, u średnich przedsiębiorców – 24 dni robocze, a u pozostałych – 48 dni roboczych.
Ograniczenia czasowe w prowadzeniu kontroli w firmie określa ustawa Prawo przedsiębiorców. Mikroprzedsiębiorcy mogą jednak spodziewać się krótszych kontroli podatkowych. Czas trwania kontroli podatkowych u mikroprzedsiębiorcy nie powinien w roku kalendarzowym przekraczać 6 dni. Kontrole podatkowe mają być przy tym wszczynane w ostateczności. W pierwszej kolejności urzędy skarbowe powinny podejmować działania mniej angażujące podatników, na przykład czynności sprawdzające lub wyjaśniające. Takie wytyczne przekazał wszystkim dyrektorom izb administracji skarbowej Zastępca Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Realizacja ich przestrzegania przez urzędy skarbowe ma być monitorowana w trybie kontroli wewnętrznych.
Skrócenie czasu trwania kontroli podatkowych u mikroprzedsiębiorców nie jest obecnie prawnie zagwarantowane, ale ma to się zmienić. Ministerstwo Rozwoju i Technologii przygotowało projekt ustawy o zmianie niektórych ustaw w celu deregulacji prawa gospodarczego i administracyjnego oraz doskonalenia zasad opracowywania prawa gospodarczego. Przewiduje on nowelizację między innymi ustawy Prawo przedsiębiorców. Jedną z proponowanych zmian jest taka, która zakłada, że czas trwania wszystkich kontroli organu kontroli u mikroprzedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekroczyć 6 dni roboczych. Zmiana ta dotyczy wszystkich kontroli podejmowanych u mikroprzedsiębiorców, a więc także podatkowych. Wejście w życie ustawy deregulacyjnej planowane jest na 1 stycznia 2025 r.
