Przedmiotem sporów jest to, za jaki okres należy zapłacić odsetki za zwłokę od zaliczki na podatek dochodowy, którą podatnik reguluje po upływie terminu płatności ostatniej zaliczki za dany rok podatkowy. Urzędy skarbowe chcą pobierać odsetki do dnia złożenia zeznania podatkowego. Sądy administracyjne to kwestionują.
Osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą, które opłacają miesięczne zaliczki na podatek od dochodu uzyskiwanego z tytułu tej działalności, wpłacają zaliczki w terminie do 20. dnia każdego miesiąca za miesiąc poprzedni. Zaliczki kwartalne uiszcza się do 20. dnia każdego miesiąca następującego po kwartale, za który wpłacana jest zaliczka. Zaliczkę za ostatni miesiąc lub ostatni kwartał roku podatkowego należy uregulować do 20 stycznia następnego roku podatkowego.
Nieuiszczona w terminie zaliczka na podatek dochodowy to zaległość podatkowa. Trzeba więc liczyć się z obciążeniami odsetkowymi. Odsetki za zwłokę wpłaca się zasadniczo za okres od dnia następującego po dniu, w którym upłynął termin płatności zaliczki na podatek, do dnia zapłaty. Sprawa komplikuje się, gdy zaliczka jest wpłacana po 20 stycznia następnego roku podatkowego, ale przed złożeniem zeznania podatkowego. Taka sytuacja ma przykładowo miejsce, gdy podatnik uiścił zaliczkę za grudzień 2019 r. w dniu 21 stycznia 2020 r., a zeznanie podatkowe za 2019 r. złożył 20 kwietnia 2020 r. Organy podatkowe twierdzą, że w takim przypadku odsetki za zwłokę trzeba naliczyć do dnia złożenia zeznania podatkowego. Oznacza to, że nawet jeżeli zaliczka na podatek zostanie uiszczona przed przekazaniem rocznego rozliczenia, odsetki za zwłokę i tak zostaną pobrane do dnia jego złożenia. Wpłatę dokonaną po 20 stycznia następnego roku podatkowego urzędy skarbowe zaliczają na poczet zobowiązania z tytułu podatku dochodowego, a nie na zaliczki na podatek.
Takie stanowisko organów podatkowych jest negowane w najnowszym orzecznictwie sądów administracyjnych, czego przykładem może być wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 10 stycznia 2020 r. w sprawie II FSK 376/18. Sądy orzekają, że odsetki za zwłokę od zaliczki na podatek dochodowy nalicza się za każdy dzień zwłoki, a nie do dnia złożenia zeznania podatkowego. Każda nieuiszczona w terminie zaliczka jest odrębną zaległością podatkową. Zaległości te istnieją do czasu ich rozliczenia w rocznym zeznaniu podatkowym. Przyjęcie za słuszne stanowiska administracji skarbowej naruszałoby zasadę zaufania do organów podatkowych. Oznaczałoby to bowiem, że od dnia upływu terminu płatności zaliczki na podatek za ostatni miesiąc lub kwartał roku podatkowego do momentu złożenia zeznania podatkowego podatnika obciąża zaległość z tytułu zaliczki, od której biegną odsetki za zwłokę, ale której nie można skutecznie uregulować przed złożeniem rocznego zeznania podatkowego.
