Od dłuższego już czasu podatnicy dokonujący wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów mają wątpliwości czy przysługuje im prawo do odliczenia podatku VAT w rozliczeniu za miesiąc, w którym rozpoznano obowiązek podatkowy oraz uwzględniono podatek należny z tytułu WNT - w przypadku braku faktury lub otrzymania faktury w terminie późniejszym niż trzy miesiące od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów powstał obowiązek podatkowy.
Warto zwrócić uwagę, iż zgodnie z dyrektywą w sprawie VAT, zdarzenie powodujące powstanie obowiązku podatkowego ma miejsce, a VAT staje się wymagalny w momencie dostarczenia towarów lub wykonania usług. Natomiast prawo do odliczenia powstaje w momencie, gdy podatek, który podlega odliczeniu, staje się wymagalny.
Z powyższego wynika, że przepisy krajowe naruszają unijne zasady neutralności i proporcjonalności zawarte w ww. dyrektywie.
Sądy administracyjne uznają, że regulacje polskiej ustawy o VAT w zakresie przepisów dotyczących terminu odliczania podatku VAT od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów należy uznać za sprzeczne z zasadami ustawodawstwa unijnego i powszechnie akceptowanym sposobem jego wykładni.
Zdaniem sądów, przepisy ustawy o VAT powinny być interpretowane w taki sposób, aby podatek nie był obciążeniem dla przedsiębiorców, również w aspekcie odliczenia wynikającego z niedochowania wymogów formalnych odliczenia.
Należy podkreślić, iż pomimo pojawiających się wyroków sądowych w tej sprawie Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zajmuje odmienne stanowisko. Z tego względu, WSA w Gliwicach, wystąpił do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z pytaniem prejudycjalnym, zmierzającym do ustalenia czy prawo wspólnotowe sprzeciwia się przepisom krajowym, które warunkują realizację prawa do odliczenia podatku naliczonego w tym samym okresie rozliczeniowym, w którym rozliczeniu podlega podatek należny w stosunku do transakcji stanowiących wspólnotowe nabycie towarów, od wykazania podatku należnego z tytułu takich transakcji we właściwej deklaracji podatkowej, złożonej w terminie zawitym , który w Polsce wynosi 3 miesiące od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów i usług powstał obowiązek podatkowy.
WSA w Gliwicach dostrzegł również problem, czy przepisy sankcyjne powinny dotyczyć wszystkich podatników, czy tylko tych, którzy nie dochowali należytej staranności przy rozliczaniu transakcji.
Sprawa nie została jeszcze rozstrzygnięta, dlatego ze względu na niejednolity kierunek orzecznictwa, najbezpieczniejszym rozwiązaniem jest stosowanie obowiązujących na terytorium naszego kraju przepisów w zakresie rozliczania wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów.